Sesuai dengan Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor PER.34/MEN/2011, struktur organisasi dan tata kerja BPOL terdiri dari :

1. Kepala Balai
Mempunyai Tugas melakukan koordinasi dan memberikan arahan seluruh kegiatan riset dan non riset serta membina bawahan di lingkungan BPOL sesuai tata kerja dan peraturan yang berlaku untuk kelancaran pelaksanaan tugas.

2. Sub Bagian Tata Usaha
Mempunyai Tugas melakukan urusan keuangan, persuratan, kearsipan, kepegawaian, dan rumah tangga dan perlengkapan, serta tata laksana.

3. Seksi Tata Operasional
Mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana program dan anggaran, pemantauan dan evaluasi serta laporan.

4. Seksi Pelayanan Teknis
Mempunyai tugas melakukan pelayanan teknis, jasa, informasi, komunikasi, diseminasi, publikasi, kerja sama, dan pengelolaan prasarana dan sarana penelitian dan observasi, serta perpustakaan.

5. Kelompok Jabatan Fungsional
Mempunyai tugas melakukan kegiatan sesuai dengan jabatan fungsional masing-masing berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.