Permasalahan lain yang teridentifikasi dari hasil kajian tersebut adalah adanya degradasi ekosistem pesisir di beberapa lokasi Pulau Lembeh serta tumpukan sampah plastik berupa kemasan air mineral di ekosistem terumbu karang sekitar Paudean yang dapat mempengaruhi proses pertumbuhan karang dan biota yang berasosiasi disekitarnya. Keberadaan sampah juga ditemukan di beberapa lokasi dimana terdapat ekosistem padang lamun. Kondisi ekosistem lamun yang berada di stasiun pada zona Barat lebih buruk dibandingkan dengan ekosistem lamun yang ada di zona Timur berdasarkan pada jumlah jenis lamun, jumlah jenis alga, dan persentase tutupan lamun.
